A gestão da Faculdade de Geologia (FGEL) é realizada pelo Diretor e Vice-Diretor, escolhidos a cada quatro anos, através de eleições diretas, pelos docentes, servidores técnicos-administrativos e discentes de graduação e pós-graduação da unidade. O diretor é o presidente do Colegiado da Unidade, que é composto também pelo vice-diretor, pelos chefes de departamento, um representante dos servidores e três representantes do corpo discente.
A organização interna compreende:
– Quatro departamentos academicos: Departamento de Geologia Regional e Geotectônica (DGRG), Departamento de Paleontologia e Estratigrafia (DEPA), Departamento de Geologia Aplicada (DGAP) e Departamento de Mineralogia e Petrologia Ígnea (DMPI);
– Três coordenações que congregam as atividades de ensino, pesquisa e extensão: Coordenações de Graduação, Pós-graduação e Extensão;
– A coordenação de Laboratórios que congrega todos os laboratórios de ensino e pesquisa, bem como é responsável pelo gerenciamento da Central de Serviços e Análises (CSA-FGEL), que abarca toda a atividade de prestação de serviços externos pela unidade;
– Divisões de apoio acadêmico e transportes.